
Nadrzędnym celem Japończyków na początku wojny było opanowanie terenów bogatych w strategiczne surowce naturalne, głównie ropę naftową. Wszystkie plany japońskiego dowództwa koncentrowały się na zapewnieniu krajowi samowystarczalności paliwowej, a charakter nowych operacji zależał przede wszystkim od zrealizowania tego celu. Jednakże sukcesy cesarskich wojsk na wszystkich frontach skłoniły japońskich dowódców już w miesiąc od rozpoczęcia walk do rozważenia przyszłej strategii. Przede wszystkim należało rozstrzygnąć dwie kluczowe kwestie:
Inicjatywę przy podejmowaniu decyzji przejął sztab Połączonej Floty. Stojący na jego czele kontradm. Matome Ugaki był zwolennikiem prowadzenia działań zaczepnych, gdyż uważał, że taktyka defensywna, przy uwzględnieniu ogromnego potencjału przeciwnika, może doprowadzić jedynie do klęski. Szef sztabu Połączonej Floty wskazywał trzy możliwe kierunki ekspansji: Indie, Australię oraz Hawaje, przy czym ostatnia opcja wiązała się z wcześniejszym zajęciem wysp Midway, Johnston i Palmyra. Kontradm. Ugaki był zwolennikiem uderzenia w kierunku Hawajów, uważając, że zmusi ono Amerykanów do decydującej bitwy w obronie swych terytoriów. Stanowisko to spotkało się jednak z powszechną krytyką wśród oficerów sztabu Połączonej Floty. Argumentowali oni, że:
Japońscy sztabowcy rozważyli więc plan kontradm. Kamahito Kuroshimy, który zakładał ofensywę w kierunku Cejlonu, a następnie połączenie z armią niemiecką na Bliskim lub Środkowym Wschodzie. Ale i ten plan nie uzyskał wystarczającego poparcia. Kontradm. Ugaki poddał go rzeczowej krytyce i stwierdził, że:
W tej sytuacji wrócono do rozważań nad uderzeniem w kierunku wschodnim. Prace nad nową operacją zostały spotęgowane po amerykańskich atakach na wyspy Wake i Marcus na przełomie lutego i marca 1942 r. Atak na Hawaje, co jasno wykazała krytyka planu kontradm. Ugaki, nie wchodził w grę, skoncentrowano się więc na przygotowaniu desantu na atol Midway. Zdobycie leżącego w odległości 1130 mil od Hawajów punktu umożliwiłoby Japończykom rozciągnięcie osłony lotniczej daleko na wschód oraz szachowanie Floty Pacyfiku, a być może sprowokowałoby Amerykanów do stoczenia rozstrzygającej bitwy. Plan ten został zaaprobowany przez kontradm. Ugaki i przystąpiono w pośpiechu do przygotowywania założeń wyjściowych stanowiących podstawę przyszłego planu operacji.
13 marca 1942 r. premier Hideki Tojo przedstawił cesarzowi memoriał, który stał się podstawą do dalszych rozważań nad przyszłymi kierunkami uderzeń. Dokument ten nie przesądzał jednak o wyborze strategii i pozostawiał sztabowcom dwa warianty do wyboru: inwazję w kierunku Cejlonu i Bliskiego Wschodu lub na Australię. Problem opanowania kontynentu australijskiego stał się wkrótce przedmiotem sporu między dowództwem marynarki wojennej (gotowym na podjęcie tego wyzwania) a dowództwem wojsk lądowych sprzeciwiającym się inwazji. Sztab Generalny Wojsk Lądowych twierdził, że do tego celu niezbędne będzie zgromadzenie minimum 12 dywizji oraz środków transportowych o tonażu 1.5 miliona ton. Mimo braku porozumienia, panowała powszechna zgoda, że należy przeszkodzić Amerykanom w wykorzystywaniu Australii jako bazy wypadowej do ataków na terytorium cesarstwa.
Jednocześnie w sztabie floty w dalszym ciągu trwały rozmowy o zdobyciu Midway. Pod koniec marca zwrócono się w tej kwestii do dowódcy Połączonej Floty, Isoroku Yamamoto. Cieszył się on dużym poważaniem nie tylko w sztabie marynarki wojennej, ale także wśród dowódców wojsk lądowych. Pod koniec marca Yamamoto opowiedział się zdecydowanie za uderzeniem na wschód. 29 i 30 marca powstał w sztabie Połączonej Floty ramowy plan operacji inwazji na Midway i zachodnie Aleuty, a 2 kwietnia kmdr. por. Yasuji Watanabe przedstawił go w Sztabie Generalnym Marynarki Wojennej w Tokio. Przedstawiciel Sztabu Generalnego, kmdr. por. Tatsukichi Miyo, zawarł krytyczne uwagi w sześciu punktach:
Kmdr. Miyo przedstawił w zamian plan Sztabu Generalnego Marynarki Wojennej dotyczący inwazji na Nową Kaledonię, Fidżi i Samoa. Miyo podkreślał, że wyspy te, choć oddalone od Japonii bardziej niż Midway, leżą też dalej od Hawajów, a zatem Amerykanie nie będą mogli użyć do ich obrony lotnictwa bazowego. Poza tym duże rozmiary wysp czynią z nich znacznie dogodniejsze miejsca na bazy wojskowe, co przekłada się na większe znaczenie strategiczne od Midway. Komandor stwierdzał też, że operacja skierowana na południe może sprowokować Amerykanów do walnej bitwy w takim samym stopniu jak inwazja na wschód.
Sprawę przesądziło zdecydowane stanowisko dowódcy Połączonej Floty, adm. Isoroku Yamamoto, który upierał się przy ataku na wschód. Sztab Generalny Marynarki Wojennej ustąpił, lecz zastrzegł sobie możliwość wycofania akceptacji w razie pojawienia się ważnych okoliczności. W Sztabie Generalnym nie zrezygnowano też z koncepcji uderzenia na południe, ale główny nacisk położono na ustalenie terminu operacji przeciw Midway. Sztab Połączonej Floty chciał atakować na początku czerwca, Sztab Generalny pod koniec tego miesiąca. Spory toczyły się do połowy kwietnia. Po raz kolejny przesądziła wola adm. Yamamoto, który nalegał, by atakować w czasie pełni księżyca, czyli we wcześniejszym terminie. Co ciekawe w rozmowach nie brali udziału ani adm. Nobutake Kondo (dowódca 2 floty), ani wiceadm. Chuichi Nagumo (dowódca floty lotniskowców). Obaj uczestniczyli w operacjach na południu i adm. Yamamoto nie chciał rozpraszać ich uwagi, jednak niezaangażowanie głównych wykonawców planu w fazie przygotowywania tak ważnej i skomplikowanej operacji wydaje się sporym błędem.
2 kwietnia 1942 r. rozpoczęła się zaskakująca operacja marynarki wojennej USA, która przesądziła o zatwierdzeniu planu inwazji na Midway. Tego dnia z zatoki San Francisco w asyście kilku krążowników i niszczycieli wyszedł w morze lotniskowiec Hornet z 16 bombowcami B-25 Mitchell na pokładzie. 13 kwietnia do Horneta dołączył Enterprise i cały zespół ruszył w stronę Wysp Japońskich. Amerykanie planowali podejść na odległość 450−500 mil od wybrzeży Japonii, wysłać bombowce do nocnego nalotu na Tokio i inne ośrodki przemysłowe wroga oraz za dnia wylądować na terytorium Chin. Dowódcą atakującej grupy bombowców miał być pomysłodawca nalotu, podpułkownik James Doolittle. Niestety plany te częściowo pokrzyżowały japońskie okręty patrolowe, które wykryły zespół lotniskowców 700 mil od Japonii. W takiej sytuacji, z obawy przed lotnictwem nieprzyjaciela, Amerykanie postanowili wysłać bombowce z odległości 650 mil. Przyśpieszenie ataku wiązało się z dziennym przelotem nad Tokio i lotem na resztkach paliwa przez Morze Chińskie do Chin.
Poderwanie ciężkich bombowców z krótkiego pasa startowego lotniskowca było zadaniem niezwykle trudnym, ale ostatecznie zakończonym pełnym sukcesem. Po około pięciu godzinach lotu maszyny dotarły nad cel i zbombardowały tokijskie zakłady amunicyjne, stalowe, chemiczne, elektrownię oraz fabrykę samochodów i czołgów. Ponad to celem stały się zakłady petrochemiczne w Jokohamie, węzeł kolejowy w Nagoi oraz stocznia i port w Kobe. Po zrzuceniu bomb samoloty leciały tak długo, jak starczyło im paliwa, a następnie lądowały przymusowo lub załogi skakały na spadochronach. Prawie wszystkie maszyny uległy rozbiciu, tylko jeden bombowiec wylądował na lotnisku we Władywostoku, gdzie załoga została internowana przez Rosjan.
Z wojskowego punktu widzenia Rajd Doolittle'a poczynił niewielkie zniszczenia, trudno nawet powiedzieć, czy efekty bombardowań zrównoważyły utratę 16 bombowców i gotowych na wszystko załóg (z 80 ludzi akcję przeżyło 71, ale przez długi czas byli oni wyłączeni z dalszej walki). Nalot nad Tokio miał jednak ogromne znaczenie w sferze psychologicznej. Pokazał odnoszącym niemal same klęski Amerykanom, że Japończyków można zaskoczyć i zadać im straty nawet w samym sercu Japonii.
Atak był dla japońskiego dowództwa całkowitym zaskoczeniem. Zastanawiano się jak do niego doszło, skoro po odebraniu sygnału o zbliżaniu się zespołu amerykańskich lotniskowców podjęto natychmiastowe działania. W stan gotowości postawiono przecież grupę 90 myśliwców, a wiceadm. Kondo dostał rozkaz bezzwłocznego wyjścia w morze na czele 6 ciężkich krążowników i 10 niszczycieli, które miały zostać w odpowiedniej chwili wsparte 116 bombowcami. Uwzględniono maksymalny zasięg lotnictwa pokładowego i obliczono, że atak nastąpi nie wcześniej niż następnego dnia rano. Nikt w japońskim dowództwie nie przewidział, że Amerykanie użyją ciężkich bombowców, ponieważ ich start z pokładów lotniskowców wydawał się niemożliwy.
Rzecz niemożliwa okazała się jednak możliwa, powstał więc oczywisty problem, jak się ustrzec przed podobnymi atakami w przyszłości. W Cesarskiej Kwaterze Głównej zwrócono uwagę na forsowany od dłuższego czasu przez sztab Połączonej Floty plan inwazji na Midway i zachodnie Aleuty, dostrzegając w nim szansę na przesunięcie bezpiecznej strefy daleko na wschód. Natychmiast ucichli przeciwnicy Yamamoto w Sztabie Generalnym Marynarki Wojennej, a wszystkie wysuwane przez nich zastrzeżenia straciły na znaczeniu. Tak więc Rajd Doolitlle'a w sposób zupełnie niezamierzony przyczynił się do podjęcia ostatecznej decyzji o ataku na atol Midway.
Podpisany pod koniec kwietnia przez adm. Yamamoto plan operacji został szybko zatwierdzony w Sztabie Generalnym Marynarki Wojennej przez adm. Osami Naganę. Biorące udział w akcji jednostki miały osiągnąć gotowość bojową do 25 maja, natomiast dokładnej daty rozpoczęcia operacji nie podano, zastrzegając jedynie, że powinna się ona zacząć nie później niż 20 czerwca. Zatwierdzenie ataku przeciw Midway postawiło siły japońskie w obliczu dwóch niemal jednoczesnych operacji zaczepnych na rozbieżnych kierunkach działań. Plan Sztabu Generalnego Marynarki Wojennej zakładał uderzenie na południe w kierunku Australii, plan sztabu Połączonej Floty − na wschód w stronę Hawajów. Pierwsza operacja miała doprowadzić do bitwy na Morzu Koralowym, druga do bitwy o Midway.

